PipeBio

PipeBioは、抗体、TCR、ペプチドの発見と解析に対応するクラウド型バイオインフォマティクスプラットフォーム。配列解析、結果可視化、NGS・シングルセル・Sanger・PacBio入力のワークフロー自動化を支援します。

概要

PipeBioは、抗体、TCR、ペプチド、さらに幅広い生物製剤の探索ワークフローに対応するクラウド型バイオインフォマティクスプラットフォームです。配列解析、データ可視化、ワークフロー自動化を、科学者やバイオインフォマティシャン向けに1つの環境に統合しています。

このプラットフォームは、NGS、シングルセル、Sanger、PacBioデータの解析に加え、配列保存、メタデータ管理、クラスタリング、エンジニアリング、さらに文書化されたREST APIを通じた外部システムとの統合をサポートします。

機能

配列アノテーションと不利要因の検出

IgG、scFv、VHH、TCRなどの抗体フォーマットを解析し、FRとCDRを特定し、配列を生殖細胞系列参照にアラインメントし、配列ベースの不利要因を検出します。

クラスタリングとサンプル間比較

クローン型ごとにサンプルをクラスタリングし、実験を比較し、クローンファミリーを特定し、エンリッチメントを解析し、クラスターネットワークプロットで結果を確認します。

対話型可視化

アミノ酸頻度、コドン、遺伝子、配列品質、系統、および配列データのその他の視覚的サマリーを、対話型チャートで表示します。

アッセイデータとヒット選定

機能的アッセイデータとメタデータを配列に関連付け、ELISA結果、構造上の不利要因、トランスクリプトミクス、ヒット選定の出力などの特性を解析します。

抗体エンジニアリングツール

ヌクレオチドまたはタンパク質レベルで配列を編集し、エンジニアリングツールを使ってタンパク質特性の算出、縮重コドンの最適化、疎水性の解析を行います。

REST API統合と自動化

REST API接続とワークフローを設定してデータのアップロード／ダウンロード、ELNやLIMSシステムとの統合、社内ツールを使ったパイプラインの自動化を行います。

ユースケース

抗体探索パイプライン
大規模な抗体レパートリー、ハイブリドーマシーケンシング、またはバイオパンニング実験から開始し、標準化されたワークフローを使って候補ヒットリストへ進めます。
配列データベース管理
配列レコードを中央データベースに保存し、標的特異性や結合親和性などのメタデータを付与し、新しい結果を社内または公開配列と比較します。
クローン型とサンプルの比較
ペア鎖、クローン型、クローンファミリー、実験間のエンリッチメントを解析し、レパートリーの経時的な変化を把握します。
アッセイ連動の優先順位付け
配列データと機能アッセイ結果を組み合わせ、ヒット選定を支援し、フォローアップ解析のために候補を優先順位付けします。
ワークフロー自動化と統合
PipeBioとELN、LIMS、社内ツール、またはREST API経由のカスタムコードを接続する自動解析パイプラインを構築します。

Pros and Cons

Pros

配列解析、可視化、保存、ワークフロー自動化を1つのクラウドプラットフォームに統合しています。
NGS、シングルセル、Sanger、PacBioを含む複数の配列データタイプに対応しています。
アノテーション、クラスタリング、ヒット選定、抗体エンジニアリングのためのツールを備えています。
ELN、LIMS、社内ツール、ラボ機器とのREST APIベースの統合を提供します。
再現性のある解析のために、設定可能なワークフローと標準レポートを提供します。

Cons

価格はサイト上で公開されておらず、商用利用にはチームへの問い合わせが必要です。
一部の統合やカスタマイズは、完全なセルフサービスではなく、プロフェッショナルサービスまたはカスタム開発を通じて提供されると説明されています。

FAQ

PipeBioの価格体系はどのようになっており、何人まで利用できますか？

PipeBioは、年間サブスクリプション料金で提供されるソフトウェア・アズ・ア・サービスです。料金ページでは詳細についてチームへの問い合わせが案内されており、FAQには商用プランは5名の指名ユーザーから始まり、エンタープライズプランではユーザー数が無制限であると記載されています。

複数人のチームでPipeBioを利用できますか？

このプラットフォームはクラウドアクセス向けに設計されているため、チームメンバーはどこからでもログインして共有の配列データやアッセイデータを扱えます。料金FAQでは、組織に追加のチームメンバーを追加できると記載されています。

PipeBioは特定のワークフロー向けにカスタマイズできますか？

PipeBioは、設定可能なエンドツーエンドのワークフローをサポートします。ワークフローページでは、ユーザーがツールを組み合わせ、パラメータを設定し、レポートを自動生成し、APIを使ってプログラムによるアップロード、エクスポート、ユーザー管理を行えると説明されています。

PipeBioはどのような統合に対応していますか？

はい。プラットフォームのページでは、ELN、LIMS、社内ツール、ラボ機器とのREST APIベースの統合が説明されています。ワークフローページでは、ドキュメント化されたAPI例への対応や、Benchlingなどのシステムとの統合にも言及しています。

PipeBioはどのような人向けですか？

ソースでは、PipeBioは抗体、TCR、VHH、scFv、短いペプチド、配列解析向けのクラウドベースのプラットフォームとして説明されています。配列解析、アノテーション、クラスタリング、可視化、ワークフロー自動化を必要とする生物製剤探索チームに最適です。

Quick Facts

カテゴリ: バイオインフォマティクスプラットフォーム
主な利用者: 生物製剤探索に取り組む科学者とバイオインフォマティシャン
提供形態: クラウドベースのSaaS
データタイプ: NGS、シングルセル、Sanger、PacBioの配列データ
統合: REST API、ELN、LIMS、社内ツール、ラボ機器
価格: お問い合わせベースの年間サブスクリプション