序列註解與風險偵測
分析抗體格式，例如 IgG、scFv、VHH 與 TCR，辨識 FR 與 CDR，將序列與胚系參考比對，並偵測序列相關的潛在風險。
PipeBio
認領PipeBio 是雲端生物資訊平台，支援抗體、TCR 與胜肽發現及分析，可視覺化序列資料並自動化流程，適用 NGS、單細胞、Sanger 與 PacBio 輸入。
概述
PipeBio 是一個雲端生物資訊平台，適用於抗體、TCR、胜肽與更廣泛的生物製劑發現工作流程。它將序列分析、資料視覺化與工作流程自動化整合於單一環境，供科學家與生物資訊學家使用。
此平台支援 NGS、單細胞、Sanger 與 PacBio 資料分析，並提供序列儲存、中繼資料管理、分群、工程化處理，以及透過文件化 REST API 與外部系統整合的能力。
功能特色
分群與跨樣本比較
依 clonotype 對樣本分群、比較實驗、識別 clonal families、分析富集情況，並以群集網路圖探索結果。
互動式視覺化
使用互動式圖表查看胺基酸頻率、密碼子、基因、序列品質、系統發育樹，以及序列資料的其他視覺化摘要。
分析資料與命中篩選
將功能性分析資料與中繼資料關聯至序列，接著分析 ELISA 結果、結構性風險、轉錄體資料與命中篩選輸出等屬性。
抗體工程工具
可在核酸或蛋白質層級編輯序列，並使用工程工具計算蛋白質性質、最佳化退化密碼子與分析疏水性。
REST API 整合與自動化
設定 REST API 連線與工作流程，以上傳和下載資料、整合 ELN 或 LIMS 系統，並以內部工具自動化管線。
使用情境
抗體發現流程
從大型抗體庫、hybridoma 定序或 biopanning 實驗開始，使用標準化工作流程逐步產生候選命中清單。
序列資料庫管理
將序列紀錄儲存在中央資料庫中，附加目標特異性或結合親和力等中繼資料，並將新結果與內部或公開序列進行比較。
clonotype 與樣本比較
分析配對鏈、clonotype、clonal families 與跨實驗富集情況，以了解群體組成隨時間的變化。
結合分析的優先排序
結合序列資料與功能性分析結果，以支援命中篩選並優先排序後續分析候選項。
工作流程自動化與整合
透過 REST API 建立自動化分析管線，將 PipeBio 與 ELN、LIMS、內部工具或自訂程式碼連接。
Pros and Cons
Pros
- 在單一雲端平台中整合序列分析、視覺化、儲存與工作流程自動化。
- 支援多種序列資料類型，包括 NGS、單細胞、Sanger 與 PacBio。
- 提供註解、分群、命中篩選與抗體工程工具。
- 可透過 REST API 與 ELN、LIMS、內部工具及實驗室儀器整合。
- 提供可設定的工作流程與標準報告，利於重複性分析。
Cons
- 未在網站上公開價格，商業用途需聯絡團隊。
- 部分整合與客製化說明為可透過專業服務或客製開發提供，而非完全自助完成。
FAQ
PipeBio 的價格如何？可供多少使用者使用？
PipeBio 以軟體即服務（SaaS）形式提供，採年度訂閱費用。定價頁面說明可聯絡團隊以取得更多資訊，而常見問題也註明商業方案自 5 位命名使用者起，企業方案則支援無限使用者。
團隊中的多人可以使用 PipeBio 嗎？
此平台為雲端存取設計，因此團隊成員可從任何地方登入並共同處理共享的序列或分析資料。定價常見問題指出，可為組織新增其他團隊成員。
PipeBio 可以針對特定工作流程進行自訂嗎？
PipeBio 支援可設定的端到端工作流程。工作流程頁面說明，使用者可組合工具、設定參數、自動建立報告，並透過 API 進行程式化上傳、匯出與使用者管理。
PipeBio 支援哪些整合？
可以。平台頁面說明可透過 REST API 與 ELN、LIMS、內部工具及實驗室儀器整合。工作流程頁面也提到支援文件化的 API 範例，以及與 Benchling 等系統整合。
PipeBio 適合哪些使用者？
來源將 PipeBio 描述為一個雲端平台，適用於 antibody、TCR、VHH、scFv、短胜肽與序列分析。它特別適合需要序列分析、註解、分群、視覺化與工作流程自動化的生物製劑發現團隊。
Quick Facts
- 類別
- 生物資訊平台
- 主要使用者
- 從事生物製劑發現的科學家與生物資訊學家
- 部署方式
- 雲端 SaaS
- 資料類型
- NGS、單細胞、Sanger 與 PacBio 序列資料
- 整合
- REST API、ELN、LIMS、內部工具、實驗室儀器
- 價格
- 年度訂閱，採聯絡銷售定價