序列注释与风险位点检测
分析 IgG、scFv、VHH 和 TCR 等抗体格式，识别 FR 和 CDR，将序列比对到种系参考序列，并检测基于序列的风险位点。
PipeBio
认领PipeBio 是一款云端生物信息学平台，用于抗体、TCR 和肽发现与分析。支持 NGS、单细胞、Sanger 和 PacBio 序列数据分析、结果可视化及工作流自动化。
概述
PipeBio 是一款云端生物信息学平台，面向抗体、TCR、肽以及更广泛的生物药发现工作流。它将序列分析、数据可视化和工作流自动化整合到一个统一环境中，服务于科学家和生物信息学研究人员。
该平台支持对 NGS、单细胞、Sanger 和 PacBio 数据进行分析，并提供序列存储、元数据管理、聚类、工程设计，以及通过文档化 REST API 与外部系统集成。
功能
聚类与跨样本比较
按克隆型对样本进行聚类，比较实验，识别克隆家族，分析富集情况，并通过聚类网络图查看结果。
交互式可视化
使用交互式图表查看氨基酸频率、密码子、基因、序列质量、系统发育以及其他序列数据的可视化摘要。
检测数据与命中筛选
将功能性检测数据和元数据与序列关联起来，然后分析 ELISA 结果、结构风险位点、转录组学和命中筛选输出等属性。
抗体工程工具
在核苷酸或蛋白质层面编辑序列，并使用工程工具计算蛋白性质、优化简并密码子以及分析疏水性。
REST API 集成与自动化
配置 REST API 连接和工作流以上传和下载数据，与 ELN 或 LIMS 系统集成，并借助内部工具自动化流程。
使用场景
抗体发现流程
从大规模抗体库、杂交瘤测序或生物淘选实验出发，使用标准化工作流推进到候选命中列表。
序列数据库管理
将序列记录存储在中心数据库中，附加靶点特异性或结合亲和力等元数据，并将新结果与内部或公开序列进行比较。
克隆型与样本比较
分析配对链、克隆型、克隆家族以及跨实验富集情况，以了解随时间变化的免疫库差异。
检测关联的优先级排序
将序列数据与功能检测结果结合起来，以支持命中筛选并优先排序后续分析的候选项。
工作流自动化与集成
构建自动化分析流水线，通过 REST API 将 PipeBio 与 ELN、LIMS、内部工具或自定义代码连接起来。
Pros and Cons
Pros
- 将序列分析、可视化、存储和工作流自动化整合在一个云平台中。
- 支持多种序列数据类型，包括 NGS、单细胞、Sanger 和 PacBio。
- 提供注释、聚类、命中筛选和抗体工程工具。
- 支持通过 REST API 与 ELN、LIMS、内部工具和实验室仪器集成。
- 提供可配置工作流和标准化报告，便于重复分析。
Cons
- 定价未在网站上公开，商业使用需要联系团队。
- 部分集成和定制被描述为可通过专业服务或定制开发实现，而非完全自助完成。
FAQ
PipeBio 的定价方式是什么？可以有多少用户使用？
PipeBio 采用软件即服务（SaaS）模式，并按年订阅收费。定价页面说明你可以联系团队获取更多信息，常见问题还提到商业方案起步为 5 个命名用户，企业版支持不限数量用户。
团队中的多人可以使用 PipeBio 吗？
该平台为云端访问设计，因此团队成员可以在任何地方登录，并协作处理共享的序列或检测数据。定价 FAQ 说明组织内可以添加额外的团队成员。
PipeBio 可以针对特定工作流进行定制吗？
PipeBio 支持可配置的端到端工作流。工作流页面说明，用户可以组合工具、设置参数、自动生成报告，并通过 API 进行程序化上传、导出和用户管理。
PipeBio 支持哪些集成？
可以。平台页面说明其支持通过 REST API 与 ELN、LIMS、内部工具和实验室仪器集成。工作流页面还提到支持文档化的 API 示例，以及与 Benchling 等系统的集成。
PipeBio 适用于谁？
来源将 PipeBio 描述为一个面向抗体、TCR、VHH、scFv、短肽和序列分析的云端平台。它尤其适合需要序列分析、注释、聚类、可视化和工作流自动化的生物药发现团队。
Quick Facts
- 类别
- 生物信息学平台
- 主要用户
- 从事生物药发现的科学家和生物信息学研究人员
- 部署方式
- 云端 SaaS
- 数据类型
- NGS、单细胞、Sanger 和 PacBio 序列数据
- 集成
- REST API、ELN、LIMS、内部工具、实验室仪器
- 定价
- 按年订阅，联系销售获取报价